Являясь старейшим университетом в англоязычном мире, Оксфорд — это уникальное и историческое учреждение. О точной дате его основания не известно, однако, в той или иной форме обучение в Оксфорде существовало уже в 1096 году, а начиная с 1167 г., когда Генрих II запретил английским студентам поступать в Парижский университет, оно стало стремительно развиваться.
В 1188 г., историк, Джеральд Уэльский, провел первое публичное чтение перед собранием донов в Оксфорде, а в 1190 году из Фрисландии, приехал первый иностранный студент Эмо, положивший начало традициям международных научных связей Университета. В 1201 году университет возглавил magister scolarum Oxonie, которому в 1214 году был присвоен титул Канцлера, а в 1231 году преподаватели были признаны universitas или корпорацией.
В 13-м веке, на фоне беспорядков между горожанами и студентами (town and gown) стали возникать первые общежития. Они стали располагаться на месте старых зданий колледжа Оксфорда, которые и стали первыми средневековыми «общежитиями», или благотворительными домами под началом Магистра. Университет, колледжи Баллиол и Мертон (Balliol and Merton Colleges), которые были созданы между 1249 и 1264 гг., являются старейшими.
Спустя менее чем сто лет, Оксфорд достиг высшего статуса среди прочих образовательных учреждений, получив похвалу пап, королей и ученых в силу своей древности, учебных программ, доктрин и привилегий. В 1355 году Эдвард III воздал должное университету за его неоценимый вклад в обучение, произнеся свою речь в адрес выдающихся выпускников Оксфорда, служащих государству.
С первых своих дней, Оксфорд стал центром оживленных дискуссий, где ученые участвовали в религиозных и политических спорах. В 14-м веке Джон Виклиф (John Wyclif), магистр Баллиола против воли папства стал выступать за издание Библии на родном языке. В 1530 году Генрих VIII вынудил университет принять его развод с Екатериной Арагонской, а во время Реформации 16 века, англиканские церковники Кранмер, Латимер и Ридли были осуждены за ересь и сожжены на костре в Оксфорде.
Во время войны за независимость США в 1775-83 гг. Университет принял сторону роялистов (сторонников короля); тогда же Карл I провел противопарламентский созыв в Доме Собрания (Университета). Оксфордский философ конца 17 века Джон Локк, подозреваемый в измене, был вынужден бежать из страны.
18 век, когда в Оксфорде, казалось, оставили поприще политики, стал эпохой научных открытий и религиозного возрождения. Эдмунд Галлей, профессор геометрии, предсказал возвращение кометы, которая получила его имя; молитвенные встречи Джона и Чарльза Уэсли заложили основы Общества Методистов.
В викторианскую эпоху Университет взял на себя ведущую роль, особенно в религиозных спорах. С 1833 года Оксфордское Движение стремится восстановить католические аспекты Англиканской Церкви. В 1845 году один из лидеров движения, Джон Генри Ньюмен, принял римское католичество, а впоследствии стал кардиналом. В 1860 году новый Музей Университета стал сценой знаменитой дискуссии между Томасом Хаксли, сторонником эволюции, и епископом Уилберфорсом.
С 1878 года были введены академические аудитории для женщин, где в 1920 году последние были допущены к полноправному членству Университета. Все пять мужских колледжа впервые признали права женщин в 1974 году, и с тех пор все колледжи, изменив свои уставы, стали принимать в свои стены как мужчин, так и женщин. Колледж Св. Хильды (St Hilda’s College), который первоначально предназначался только для женщин, стал последним из колледжей Оксфорда, где существовало раздельное обучение. Колледж стал принимать студентов мужского и женского пола лишь с 2008 года.
В 20-м и начале 21-го века в оксфордский гуманистический курс был добавлен новый крупный научно-исследовательский функционал в области естественных и прикладных наук, в том числе в медицине. Таким образом, Университет расширил и укрепил свою традиционную роль международного образовательного центра и форума для интеллектуальной дискуссии.